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1990年国务院批准建立第一个保税区，中国已建有上海外高桥、天津港、深圳福田、沙头角和盐田港、大连、广州、张家港、海口、厦门象屿、福州、宁波、青岛、汕头、珠海、合肥等16个保税区，主管部门是海关总署。保税区最初的功能定位是仓储、转口和加工，实际上是以物流为主。十多年来，全国15个保税区的保税仓储、转口贸易、商品展示功能有了不同程度的发展，具备了一定规模的国际物流基础。 中国在2001年加入WTO时，承诺3年内将逐步放开工业品贸易权，将分阶段取消各类商品的市场配额和其它数量限制，这些承诺很可能使原先在保税区投资贸易公司的外商，依据整体投资环境的优劣重新选择投资区域，导致保税区内贸易公司数量减少。此外，随着服务贸易在国际贸易中的比例日益加重，中国也将按照WTO市场准入原则，最大限度地对其他成员开放服务业。这一切都将使保税区面临新挑战，保税区所享有的优惠政策会逐渐弱化，保税区要想在竞争中求生存，必须向国际通行的自由贸易区转型。
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贸易管理。中国对保税区的贸易限制很多，商务部把保税区企业视作境外企业，保税区贸易企业没有进出口经营权，无法开展国际贸易。国家税务总局也规定，国内的货物经保税区出口，须实际离境，才能给予退税。货物从国内到保税区，视同出口，但不给予退税。
物流服务业的可扩展性。国家在设立保税区时并未建立统一的评价指针，具体运作与考核均由地方政府负责。地方政府在考核时侧重于吸引外资、增加就业与税收、以及GDP增长等直接效益指针，并将主要精力放在招商引资和发展工业项目上。现有的大多数保税区都发展成了加工制造型的特殊经济区域，有些保税区内几乎已经没有发展物流服务业的用地，物流服务业的发展空间受到制约。
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保税区亦称保税仓库区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。保税区能便利转口贸易，增加有关费用的收入。运入保税区的货物可以进行储存、改装、分类、混合、展览，以及加工制造，但必须处于海关监管范围内。外国商品存入保税区，不必缴纳进口关税，尚可自由出口，只需交纳存储费和少量费用，但如果要进入关境则需交纳关税。各国的保税区都有不同的时间规定，逾期货物未办理有关手续，海关有权对其拍卖，拍卖后扣除有关费用后，余款退回货主。
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特性一：实施封闭式管理，即海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理。
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奠定了保税区作为特殊国际物流运作区的基础功能，企业可利用这一功能，从事国际物流运作。为了促进保税区国际物流的发展，我国政府为利用保税区从事物流运作和保税区投资从事物流经营的企业，提供了优惠的政策。国外货物在保税区与境外自由进出。在区内存储的货物品种和仓储的时间不受限制，货物可以进行分级、包装、挑选、分装、改装、刷帖商标或标志等商业性加工；境外企业的货物可委托给保税区企业在区内储存并由其代理进口销售。对来保税区投资经营国际物流的企业，国际也赋予了优惠的税收、外汇等政策。
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广西钦州保税港区规划面积10平方公里，有码头作业、保税物流、出口加工和综合服务四大功能区组成，分三期进行建设。一期建设封关面积2.014平方公里，具有口岸、物流、加工三大功能，可以开展货物储存、国际贸易、国际采购与分销配送、国际中转、商品展示、加工研发、港口作业、检测维修服务以及海关允许的其他业务等九项业务。
广西钦州保税港区规划总面积10平方公里，由码头作业区、保税物流区、出口加工区和综合服务区组成，一期2.5平方公里已建成；2010年1月至5月份的集装箱吞吐量相当于2009年钦州港全年集装箱的吞吐量的一半，跃居环北部湾各港口前茅；钦州原有储备库项目全部完工；已开通每周5班至香港的航线、中海集团5000TEU南北直航航线，即将开通至台湾、东盟的航线；中海运、中外运等12家航运、物流公司已经进驻；一期只剩7个地块500多亩土地，众多企业提出项目申请，保税港已成为投资的热土，发展前景无限广阔。
2009年，国务院颁布实施的《国务院关于进一步促进广西经济社会发展的若干意见》同意将广西钦州保税港区列为整车进口口岸，这是中国继天津、大连、上海、广州黄埔之后第五个沿海整车进口口岸，也是中国唯一具备整车进口口岸功能的保税港区。到2015年，通过钦州保税港区口岸进口汽车总量将达5万辆，出口汽车将达25万辆。
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2008年12月，国务院正式批准设立广西凭祥综合保税区。这是我国继苏州工业园综合保税区、天津滨海新区综合保税区、北京天竺综合保税区和海口综合保税区之后的第五个综合保税区。凭祥综合保税区是广西继钦州保税港区之后，再获国家批准设立的开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最便捷的特殊经济开放区域。凭祥综合保税区规划控制面积8.5平方公里。
凭祥综合保税区的建设背景：2007年1月，广西与越南谅山的商务部门共同签署了《中国广西壮族自治区与越南谅山省建立中越边境跨境经济合作区合作备忘录》，提出在双方接壤地区各划出8.5平方公里共同建设中越跨境经济合作区的设想。 2008年12月19日，广西凭祥综合保税区经国务院正式批准设立。 这是我国第四个获得国务院批准设立的综合保税区，也是中国第一个在陆地边境线上设立的综合保税区。 一期工程已于2011年6月18日通过国务院联合验收组验收，2011年9月30日正式封关运营。
广西凭祥综合保税区位于凭祥边境经济合作区南山工业园至友谊关、浦寨、弄怀一带的狭长地带，行政隶属主要在友谊镇。其四至范围为：东至板召屯，南至弄怀，西至浦寨，北至浦扣克山，规划总用地面积约为8.5平方公里。
广西凭祥综合保税区以全面服务中国－东盟自由贸易区，加快推进广西北部湾经济区建设为使命，充分发挥陆路口岸优势，积极参与东盟市场乃至欧美市场的产业分工，建设成为国际贸易繁荣、进出口加工发达、综合物流功能完善的开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全完善的海关特殊监管区域；利用外资的重要区域和特殊渠道；形成中国——东盟自由贸易区各成员国之间以及与世界各国开展国际贸易、保税物流集散以及加工贸易的重要基地。
广西凭祥综合保税区是中国开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全的海关特殊监管区，是与自由港政策最为接近的区域。享受国内货物入区视同出口立即退税、境外入区产品实行保税、区内企业建设所需物品免关税和进口环节税、境外货物入出区免许可证和出口配额、区内企业运往境外或在区内销售的产品免加工环节增值税，区内企业间货物交易免征增值税和交易税，宽松的外汇管理等特殊政策。
具有口岸、保税物流、保税加工和国际贸易四大功能，形成以机械电子、电子信息产品、新型节能材料和环保产品为主的出口加工基地；以机械、电子信息产品、矿产品为主的中转交易物流中心;积极发展面向东盟，服务内地、面向世界的国际中转、国际配送、国际采购和国际转口贸易。
广西凭祥综合保税区规划总用地面积约为8.5平方公里。由保税物流加工、管理服务、口岸作业三大功能区组成，保税物流加工区与口岸作业区之间以封闭的专用通道相连，在友谊关口岸与越南的友谊口岸实现直接互通。分三期建设完成：一期建设1.20平方公里，二期建设3.0平方公里，三期建设4.3平方公里。一期工程于2011年6月18日通过国务院联合验收组验收，2011年9月30日封关运营。
中越两国先前的设想，越南谅山省同登市与广西凭祥市,原计划在接壤地带各划出土地8.5平方公里，共同建设总面积为17平方公里的跨境经济合作区。而此次，凭祥综合保税区的规划面积恰是8.5平方公里。 2008年4月28日，越南已正式批准建设谅山省同登—谅山口岸经济区，内容涉及运输、旅游、商贸、金融等领域，面积同样为8.5平方公里；越南计划投资部、贸易部和谅山省已在联合制定园区规划，并向越南中央政府申请资金援助。
凭祥综合保税区作为中越跨境经济合作区的中方母体与越方对接。凭祥综合保税区除了享有保税区应有的优惠政策外，还同时享有自治区《关于促进广西北部湾经济区开放开发的若干政策规定》中的优惠政策，还有民族自治区、西部大开发、边贸开发、大湄公河次区域合作等优惠政策，是我国享受优惠条件最多的保税区之一。
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